Машинное обучение поможет определить настоящий источник острой кишечной инфекции

В прошедшем году, сотни людей по всему миру пострадали от симптомов острой кишечной инфекции после употребления продуктов и общения с животными, от которых не ожидаешь заражения сальмонеллезом.

Если человек заболел после употребления говядины, логично предположить, что источник инфекции - это корова. Но в последнее время бактерии также находят в самых неожиданных продуктах.
Некоторые препараты были запрещены Американским Управлением по контролю за продуктами и лекарствами, по причине обнаружения бактерии в составе.

Употребление тахини - пасты из семян кунжута - стало причиной сальмонеллеза у нескольких десятков жителей трех американских штатов.

А девять человек из 8 штатов США были госпитализированы с острой кишечной инфекцией, причиной которой стала морская свинка!
Источником болезни могут быть различные животные: свиньи, коровы, кошки, собаки. Значительно место в эпидемиологии занимают птицы (часто бройлерные куры) и особенно водоплавающие птицы. Теперь, чтобы определить, из какого именно кишечника животного выделялись опасные бактерии, ученые используют машинное обучение.
Исследователи из Университета Джорджии натренировали алгоритм распознавать генетические различия между штаммами сальмонеллы от четырех самых распространенных носителей возбудителя инфекции: свиней, коров, кур и дичи. Существует множество типов сальмонеллы, но ученые решили сосредоточиться на самом распространенном в США - Salmonella Typhimurium.

Пропустив через свою систему более 1400 образцов генома сальмонеллы, ставших причинами восьми вспышек заболевания, исследователи подтвердили, что алгоритм правильно определил источник бактерии в 7 случаях из 8. [1]

Система все еще нуждается в доработке, но прорыв ученых - это значимый шаг в сторону изучения происхождения острых кишечных инфекций.
Ежегодно, около 1.2 миллионов случаев инфицирования сальмонеллой в США сопровождаются диареей, лихорадкой и спазмами. Инфекция заканчивается летальным исходом у 450 американцев каждый год.
Подписывайтесь на наш блог
Чтобы быть в курсе новостей о Биомис
Нажимая на кнопку, вы даете согласие на обработку персональных данных и соглашаетесь c политикой конфиденциальности
Александра Митрошкина
Глава отдела маркетинга Биомис
Опубликовано 10 января 2019 года.
В материале использованы данные статьи.
Made on
Tilda